Optimiza una simulación del desarrollo del cerebro y gana unas prácticas en el CERN

human_greenProject

 

El proyecto Human Green Brain Project tiene como objetivo la simulación computacional del desarrollo del encéfalo humano basándose en datos provenientes de la neuroimagen. En particular, reconstruyen el conectoma gracias a las imágenes de tensor de difusión que permiten observar la localización de grandes trazos en el cerebro. Comparando estos datos con los generados por la simulación pretenden descubrir los mecanismos subyacentes al desarrollo del citado conectoma.

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Este grupo junto con CERN openlab e Intel han creado el Intel Modern Code Developer Challenge. Una competición en la que tendrás que optimizar el código del programa utilizado para llevar a cabo la simulación para que corra lo más rápido posible. Si lo haces bien podrás ganar unas prácticas en el laboratorio del CERN openlab, un tour guiado por el CERN o un viaje al congreso “Supercomputing Conference 2016” con todos los gastos pagados en cualquier caso.

Nada más que por echar un vistazo al programa y acceder al cluster que te ofrece Intel para realizar las pruebas del código vale la pena intentarlo, así que os animo a registraros e invitadme al CERN si es que tenéis suerte 😉

Este es el problema a resolver:

The cell clustering problem is an example for agent-based self-organization, comprising many cell behaviours occurring naturally during neural development. During development of the cerebral cortex (i.e. the part of the brain that is largely responsible for sensation, action, cognition and memory), a few initial progenitor cells proliferate through division and cell growth, giving rise to an exponentially increasing population of different cell types. These cells, by sensing extracellular substances in their environment, migrate towards their final locations. Hence, by implementing optimized code for simulating cell proliferation, migration and diffusion of substances, it will be possible to efficiently conduct large-scale simulations of cortical development. Such simulations are crucial to gain insights into neurodevelopmental disorders, and the workings of the brain.

PD: Ya podían organizar otro concurso para hacer un logo mejor, porque vamos, sangre en los ojos xD.

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